Вопрос об организации железнодорожных школ на Полесской железной дороге встал в 90-е годы прошлого столетия, когда быстрыми темпами увеличивалось протяжение дороги, росло население, расширялся фронт работ, требовались грамотные люди. С 1890 года железнодорожные школы стали возникать на крупных станциях. В 1897 году при станции Унеча была открыта школа грамоты. Эта школа еще не имела своего постоянного здания, а снимала частные за плату. Установлено, что в 1899 году в ней обучалось 18 детей железнодорожников. Вел преподавание законоучитель Устин Неклепаев.

В 1903 году школа грамоты на станции Унеча была преобразована в одноклассную церковно-приходскую, в этом году было построено деревянное здание школы около вокзала. Известно, что в 1909 году в ней обучалось 47 учащихся. В то время в Унече не было церкви, а церковно-приходские школы создавались при церковных приходах, поэтому школа относилась к Красновичскому приходу. Заведовал школой с 1913 года священник Красновичской церкви Петр Иванович Малявицкий, который вел Закон божий. Кроме общеобразовательных предметов, в школе проводились уроки гимнастики, рукоделия, военного строя.

После январского декрета Совнаркома об отделении церкви от государства и школы были отделены от церкви, стали советскими. Происходили крупные изменения и на Полесской железной дороге. В связи с переводом отделения дороги и его служб из Почепа в Унечу, школьное здание было передано поликлинике, школа продолжала работу в бараках, расположенных на месте современного НГЧ.

В 1927 году была введена в строй семилетняя железнодорожная школа, которая расположилась в деревянном здании на территории нынешнего стадиона возле клуба им.1 Мая. В 1934 году семилетка была преобразована в среднюю школу и стала называться Унечской железнодорожной школой № 41, возглавил которую директор Ф.И. Жуков.

Приток детей быстро нарастал. В 1935 г. начато строительство каменного двухэтажного здания на а Октябрьской улице. Введение в строй нового современного здания школы стало настоящим событием в городе. В неё были переведены учащиеся из школы, что располагалась на стадионе. Школа получила №42. Свой первый выпуск школа сделала в 1936г.

В начале июля 1941 г. в здании школы был развернут госпиталь. При освобождении г. Унеча, в результате кровопролитных боев, школа сильно пострадала: от нее остались одни стены. Все оборудование, учебные пособия, библиотека были уничтожены огнем. В восстановлении школы принимали участие учащиеся, учителя и жители города. К концу 1945 года работы были завершены, школа значилась под №18.

В начале 70-х годов 20 века к основному зданию школы были пристроены два новых крыла. 

В 1961 году школа переименована в школу № 41. В 1999 году школа №41 ст. Унеча передана в муниципальную собственность и стала школой №5. 

5 мая 2020 года наша школа отметила свой юбилей - 85 лет!

В 2022 году в рамках проекта «Развитие образования» в школе выполнен капитальный ремонт.